Reefer container bekerja dengan menggunakan unit pendingin yang terpasang di dalamnya. Unit ini mendistribusikan udara dingin melalui lantai kontainer yang dirancang khusus, biasanya berbentuk huruf “T”, untuk memastikan sirkulasi udara yang merata di sekitar muatan.

Namun, penting untuk dicatat bahwa reefer container tidak dapat menurunkan suhu barang. Maka dari itu, barang harus dipre-cool terlebih dahulu sebelum dimuat.

Untuk menjalankan unit pendingin, reefer container memerlukan sumber listrik eksternal. Saat berada di pelabuhan atau terminal, kontainer dapat tersambung ke sumber listrik tetap, yang dikenal sebagai “reefer points”.

Selama pengangkutan darat atau kereta api, genset portable digunakan untuk menyediakan listrik. Beberapa reefer container juga menggunakan sistem pendingin kriogenik dengan karbon dioksida beku atau nitrogen cair untuk perjalanan pendek, yang dapat mempertahankan suhu hingga 30 hari tanpa daya eksternal.

Kontainer pendingin juga dilengkapi dengan sistem ventilasi untuk menghilangkan panas, air, dan gas seperti CO2 yang dapat mempengaruhi kualitas barang.

Sistem dehumidifikasi juga ada untuk mengontrol tingkat kelembaban, yang biasanya diatur antara 60% hingga 85% relative humidity (RH), dengan unit-unit baru yang mampu mencapai 50% RH.